Die Ursprünge des Rheinfelder Hofes reichen bis in das Hochmittelalter. 1178 wird erstmals urkundlich die Burg von Rynwerde und sein Erbauer Ritter Andreas von Rynwerde erwähnt. 

Bis zum Verkauf des Gutshofes an das Antoniterkloster in Köln kann die historische Entwicklung nur lückenhaft rekonstruiert werden. Erst als Bruno von Troistrop am 12. März 1378 den Hof dem Antoniterkloster überschreibt, ist aufgrund der klösterlichen Aufzeichnungen die weitere Entwicklungsgeschichte bekannt. 

Die Antoniter bewirtschafteten den Gutshof nicht selbst. In den folgenden Jahrhunderten wurde der Hof von wechselnden Pächtern geführt. 

1727 gab der damalige Pächter des Rheinfelder Hofes, Deodorus Zander, den Auftrag zum Erbau des Antoniuskreuzes, das noch heute in einer Mauernische des Hofes steht.

Am 4. Dezember 1763 fielen große Teile des Hofes einem Brand zum Opfer. Der mehrjährige Wiederaufbau war erst 1774 abgeschlossen. Er brachte eine erhebliche Erweiterung der Stallung und Gebäude mit sich. 

Durch die Säkularisierung kirchlicher Güter unter der französischen Herrschaft wurde der Rheinfelder Hof aus dem klösterlichen Besitz enteignet und am 10. November 1807 versteigert. Käufer des Hofes war die Familie Dahmen, die bis dahin Pächter waren.